1987年4月13日中葡兩國政府簽署《中葡聯(lián)合聲明》，澳門進入回歸祖國的過渡時期，中資銀行參與澳門元發(fā)行事宜提上了議事日程。經(jīng)過中葡雙方約三年的外交談判磋商，於1994年7月12日達成共識並簽署了《中葡聯(lián)合聯(lián)絡小組關於澳門發(fā)鈔問題的會談紀要》。1995年10月13日，澳門政府與中國銀行簽署了發(fā)鈔合同。在澳門金融管理局、有關同業(yè)及印鈔公司的幫助與支時下，10月16日，中國銀行開始發(fā)行澳門元鈔票。

回歸之後，澳門分行獲特區(qū)政府授權並雙方簽定了公共庫房出納代理合同。從2000年4月28日起，中國銀行成為澳門特區(qū)政府的公庫代理銀行。

澳門分行也十分重視與同業(yè)之間的交流合作，努力推動行業(yè)發(fā)展和維護業(yè)界的合理權益。1983年，澳門分行與部份同業(yè)一起，推動澳門政府成立了澳門票據(jù)交換所，並承擔了港元票據(jù)清算行的職責。2000年9月6日，澳門銀行公會會員大會推選澳門分行出任公會主席。澳門分行與澳門銀行公會理監(jiān)事、會員銀行和衷共濟，共同推動會務發(fā)展，與特區(qū)政府及金融管理局之間保持密切聯(lián)繫，配合支持特區(qū)政府貫徹執(zhí)行金融政策。

澳門分行並出任特區(qū)政府經(jīng)濟委員會委員、澳門金管局諮詢委員會委員、中國企業(yè)協(xié)會副會長、中華總商會監(jiān)事長、澳門生產(chǎn)力暨科技轉移中心委員等重要社會職務。並積極支持贊助澳門的教育和慈善事業(yè)，如贊助澳門大專教育基金會；向同善堂、鏡湖醫(yī)院慈善會等機構捐款等。通過這些活動，澳門分行將自己置身於社會，融入市場和客戶之中。